El edificio que hoy alberga las instalaciones de la Biblioteca Pública Julio Pérez Ferrero, tuvo sus inicios en 1788 cuando don Manuel Antonio Fernández de Novoa, donó por voluntad testamentaria todas sus pertenencias para la construcción de un Hospital General, en lo que entonces era la parroquia de san José de Cúcuta, adscrita a la ciudad de Pamplona, en el antiguo Virreinato de la Nueva Granada. Gracias a esta cuantiosa donación se construyó el Hospital San Juan de Dios.
Casi un siglo después, en 1875, un fuerte terremoto sepultó entera la próspera localidad, incluido el hospital San Juan de Dios, dónde murieron los 32 enfermos que eran atendidos, junto al personal médico y demás que allí laboraban. Sin embargo, a pesar de los daños materiales y morales, la férrea voluntad de los habitantes de la ciudad llevó a que tan sólo 2 años después se iniciara el proceso de reconstrucción, así en 1879 se daba al servicio un primer bloque que ocupaba la carrera del Perú (hoy avenida segunda), desde la calle Rovira (hoy calle 12) hasta la calle Córdoba (hoy calle 13), junto a la capilla del Carmen, construida casi simultáneamente.
Las cruentas guerras civiles de finales el siglo XIX y comienzos del siglo XX, deterioraron parte de la reconstruida edificación y evidenciaron la necesidad de ampliar el hospital que ya no alcanzaba para albergar la creciente demanda, especialmente debido a la epidemia de fiebre amarilla que azotó a la población, durante los primeros años del siglo XX. Así en 1912 se da al servicio una nueva etapa conformada por el bloque central, paralelo a la avenida segunda. Con el correr de los años nuevos edificios entraron a formar parte del complejo de edificaciones con el que contaba la ciudad para prestar servicios de salud. La clínica infantil, construida en 1927 y el pabellón antivenéreo de 1929.
Sin embargo, a pesar de las ampliaciónes, con el correr del siglo XX y el creciente aumento de la población de Cúcuta y las poblaciones aledañas, los servicios de salud que ofrecía el hospital no fueron suficientes para suplir las crecientes necesidades, lo que llevó a que en el año 1988 se inaugura un nuevo hospital, el Erasmo Meoz, más moderno y eficaz. Así, el complejo de edificios que albergó al hospital San Juan de Dios quedó abandonado, lo que contribuyó a su deterioro, hasta que dada su riqueza arquitectónica fue declarado Monumento Nacional y se iniciaron las obras de restauración en septiembre de 1999, con la recuperación de la clínica infantil. En junio de 2000 se concluyó la restauración y se inauguró la obra.